不同行業的潔凈室廠房對空氣質量的要求差別很大。裝有排煙罩和污染控制設備的潔凈室車間需要補充大量的潔凈的空氣, 如果這些潔凈室車間所在地區環境空氣受到污染, 那么在將補充的空氣送入到潔凈室之前必須先進行過濾。在半導體生產和制藥工業中, 對空氣的潔凈度要求較高。典型的工作環境中,每立方英尺空氣中含有500000個粒子, 而半導體生產的最新要求是每立方英尺空氣中只有1 個粒子。因此, 工作間需要用經過HEPA高效過濾器過濾的潔凈空氣不斷地循環換氣。為保持HEPA高效過濾器的潔凈效果和壽命, 還需要幾段效率較低的預濾器聯合使用，如初效過濾器、袋式中效過濾器等。
工業用潔凈室要求連續有效地去除粒徑更小的粒子。HEPA高效過濾器一度是效率最高的過濾器, 現在ULPA超高效過濾器則是效率最高的過濾器, 以后更高效率的新一代過濾器也將得以開發應用。微細玻璃纖維過濾介質是過濾器介質的主要選擇, 但膜和靜電增強介質已向該領域滲透, 并獲得部分潔凈室應用。